员工疫情期间被辞退是否合法需要根据辞退员工原因来确定，根据《传染病防治法》规定，如果辞退员工是因为员工因疫情被隔离那么是不合法的，如果辞退员工是因为员工有违法乱纪行为或劳动合同中约定条件的，那么企业是有权依据《劳动合同法》第三十九条辞退员工的。